今回EM団子を投入した外堀は、3か所ある外堀の1つ新宿区神楽坂に位置する飯田堀地点で、昭和47年に東京都の再開発事業で埋め立てられ、残された一部が池のようになっている。一見閉鎖水域のようだが、わずかに残された水路を経て市ヶ谷堀から水が入り、緩慢な流れだが水は神田川に流れていく。しかし、雨などでオーバーフローするとアオコを含む汚水が、外堀から神田川、日本橋川へ流れ込むため、同地点でのEM団子による浄化が急遽始まった。
EM団子の投入には、林会長と同会会員、千代田区担当者や同会特別顧問・大塚実大塚商会相談役名誉会長、Uネットの浜渕委員長、法政大学・SOTOBORI CANAL WONDERの学生や近隣企業からも多数参加、水面にボートを浮かべて飯田堀に6000個を投げ入れた。この後、飯田橋と水道橋の間に架かり神田川の分岐点となる御崎橋からも2000個投入した。